船员合格证在到期之前应参加合格证知识更新，申请合格证再有效，船员在船期间应当保证合格证及适任证书在有效期之内。如果船员合格证过期被海事部门查到将面临处罚，一旦遇到船员合格证过期情况，船员不能及时换取合格证的，应当立即安排更换船员，保证船舶的正常运营。

   1.根据《中华人民共和国海上交通安全法》第九十七条相关规定：

   在船舶上工作未持有船员适任证书、船员健康证明或者所持船员适任证书、健康证明不符合要求的，由海事管理机构对船舶的所有人、经营人或者管理人处一万元以上十万元以下的罚款，对责任船员处三千元以上三万元以下的罚款；情节严重的，对船舶的所有人、经营人或者管理人处三万元以上三十万元以下的罚款，暂扣责任船员的船员适任证书六个月至十二个月，直至吊销船员适任证书。

  2.根据《中华人民共和国海上海事行政处罚规定》：

  第十二条 违反《海上交通安全法》第十三条的规定， 在船舶上工作未持有船员适任证书、船员健康证明或者所持船员适任证书、健康证明不符合要求的，由海事管理机构对船舶的所有人、经营人或者管理人处1万元以上10万元以下的罚款，对责任船员处3千元以上3万元以下的罚款；情节严重的，对船舶的所有人、经营人或者管理人处3万元以上30万元以下的罚款，暂扣责任船员的船员适任证书6个月至12个月，直至吊销船员适任证书。